А все ли работники, имеющие начисления, попали в документ "Начисление страховых взносов"? Попробуйте перезаполнить его всеми сотрудниками и перерасчитать взносы. Проверьте также базу для расчета страховых взносов, может, туда какой-либо Ваш расчет не попал.