задвоение авансов

после обновление 1С 8.2 КОРП при формировании Книги продаж авансы,полученные от покупателей задваиваются,если счет-фактуру на аванс поставить на удаление , то в книгу продаж встает правильная сумма ванса, но на основании первичного платежного документа на основании которого создан счет-фактура на аванс.Как быть?

Восстановление последовательности расчетов при Закрытии месяца делаете?

да,конечно

А в учетной политике на закладке НДС, что стоит по поводу СФ на аванс?

Регистрировать счета-фактуры всегда при получении аванса