Я базовую обновляю уже лет пять через конфигуратор - скачиваю дистрибутив, распаковываю, затем в конфигураторе ставлю галочку на поиск обновления в текущих каталогах шаблонов и обновлений и далее по шагам обновляю. Автоматическое обновление у меня зависало с самого начала, по какой причине, уже не помню. И ещё, наверно, можно сделать тестирование и исправление.