ЗУП 3.1 Не считет Удержание за использованный авансом отпуск при увольнении

Елена, проблема в том что документы перенос данных с номером ЗП не содержат информации о значения показателей исходного начисления отпуска. Это можно исправить.
В документе "Перенос данных" нужно добавить регистр сведений "Значения показателей начислений"
Указать все показатели Вида расчета для строк начислений отпуска. Правильно перенести значение колонки ИдентификаторСтроки из данных регистра расчета «Начисления» того-же документа (это важно того же документа).
Если в Источнике переноса индексацию заработка не делали, то все данные для заполнения значений показателей у Вас есть в самом документе "Перенос данных".  См. рисунок.



Не стоит ожидать что расчет будет таким же как в 2.5!