Тэра, полностью автоматически в ЗУП 3 это сделать не получится. Для начала проверьте, включена ли в этой базе ЗУП в разделе "Настройка" - "Расчет зарплаты" опция "Проверять соответствие начислений и выплат". Если стоит, придётся снять, что уже некоторый риск. Но без этого система не даст вам скорректировать суммы НДФЛ и к выплате в документе выплаты зарплаты (в банк, в кассу или на счёт). В документ выплаты сотрудника придётся добавить "насильно", суммы к выплате изменяйте не прямо в строке а по "Изменить зарплату", сумму НДФЛ тоже не прямо в строке я по кнопке "Изменить налог". Иначе потом то, что "само накорректировалось" в 6-НДФЛ вылезет.
В следующем месяце, если снова остаток к выплате будет недостаточным, придётся опять подкорректировать суммы в документе выплаты зарплаты. И так до тех пор, пока не выровняется.
Ну и в расчётном листке будет "враньё", будто вы весь подоходный удержали сразу. Потому что он строится по данным регистра "Начисления и удержания сотрудников", а туда попадает НДФЛ исчисленный, и никаких следов "колдовства" с документом выплаты не будет.
Как "спасаться" пока это не автоматизировали разработчики самого 1С? Можно, например, написать внешнюю обработку заполнения для документов выплаты, чтобы она корректировала строки сумм к выплате и сумм налога. Расчётный листок модифицировать сложнее, но всё равно ведь нередко организации делают свой по каким-то своим внутренним соображениям.