Проводочка: помогите

на 01 в июне ничего нет, в балансе - все незавершенное строительство

Тогда смело приходуйте свой ОС и выставленный в июне счет-фактуру в июле (там окно есть даты оприходования).Злой абсолютно прав, запись в книгу покупок сделаете вручную, предварительно отключив автомат книг покупок-продаж в договоре данного контрагента.

т.е. мне просто в декларации за следующий квартал поставить этот (пропущенный НДС) к вычету и все?

Да. Проводка сформируется в июльской книге покупок.

Можете сделать и так, но повторю. Что-бы запись в книгу покупок попала не в том месяце когда это делает автоматом программа - надо отключать автоматическое формирование.

Я сразу при регистации контрагента убираю в договоре с ним этот автомат. У меня все покупатели - с предоплатой, поэтому при зачете НДС с авансов мне необходима эта возможность делать записи ручками.

не имеет значения, что Акт ОС-1 от 30.06?

Тоды все. -> Уточнёнка.

подводя итоги: в июне я провожу поступление ОС (Д08 К60, Д19 К60), предварительно убрав автомат формирование книги покупок по данному договору, в июле провожу ввод в эксплуатацию (Д01 К08, Д68 К19) и делаю запись в книгу покупок вручную. Правильно?  

Да. Но это нарушение. (хотя за это "нарушение" ничего не будет).