количество дней отпуска

Здравствуйте. Вопрос в следующем. Сотрудник отгуливает отпуск маленькими кусочками (по несколько дней). Это наши внутренние заморочки, белой бухгалтерии не касающиеся. Положен отпуск  продолжительностью 28 календарных дней. Каким образом считать выходные? Т.е. если сотрудник отдыхал четверг и пятницу, то отпуск считается за 2 дня или за 4, включая выходные? Как посчитать, сколько рабочих, а не календарных дней, положено сотруднику? Спасибо.

Если приказ на такие отпуска оформялись официально, то считать надо по ним сколько дней отгулял. И если он брал с понедельника по пятницу, то никаких претензий к нему не может быть.
Между прочим учтите

Статья 125. Разделение ежегодного оплачиваемого отпуска на части. Отзыв из отпуска

По соглашению между работником и работодателем ежегодный оплачиваемый отпуск может быть разделен на части. При этом хотя бы одна из частей этого отпуска должна быть не менее 14 календарных дней.

Это касается , как Вы говорите" только белой бухгалтерии, все остальное Ваше дело как учитывать ему отпуск. Но если что , то разбираться будут согласно тому как что оформлено.