УСО

Работы субподрядчиков отношу на 20 сч. (1С - документы общего назначения - УСО).
Д 20 - К 60.1 - 10000
Д Н07.04.1(мат расх) - 10000

НЗП - 10000

"закрытие месяца":
Д 90.2.1 - К 20 - 10000

Почему автоматически по НУ вся сумма относиться на косвенные расходы, а в "закрытие месяца" списывается на сч. 90.2.1, хотя до этого была учтена как НЗП.

Потому что услуга.

Но ведь эт не услуга, а работы по конкретному договору по основному виду деятельности и проходят как прямые затраты. И что тогда делать с 20 сч., если косвенные расходы я списываю на 20 сч.

Нет, субподрядные работы это услуга которую вам оказывают.
Можете вешать в бух учете на счете 20 по аналитике субподрядные работы, а по налоговому учету это будут косвенные расходы.
Если не хотите то попросите у програмиста что бы за место счета налогового учета Н07.04.1 поставил счет Н07.02. но это будет не совсем правильно.

Хорошо, но могу ли я, чтобы не было расхождения в БУ и НУ, учитывать эти расходы на сч. 26, как косвенные, материальные расходы. По-моему законодательство это не запрещает?