УСН

Наша фирма является турагентом и получает агентское вознаграждение (разница между тем, что нам платит турист и тем, что мы платим туроператору). Какими документами отразить в 1:С.Бухгалтерия.УСН это вознаграждение и чтобы оно попало в книгу доходов и расходов?

У вас должен быть агентский договор с туроператором.
В договоре указывается процент вашего вознаграждения.
На основании договора и оплаты туристами вы считаете свое вознаграждение и делаете акт выполненных работ для турагента.
Это акт о выполнении агентских услуг.
Сумма акта должна соответсвовать сумме, которую вы заносите в книгу.

Дело в том, что у нас с туроператором договор купли-продажи, а с туристом договор поручения и мы получаем вознаграждение от туриста. А вопрос состоит в том, что в 1:С, книга доходов и расходов формируется по приходу в кассу и расходу, например, при оплате через расчетный счет туроператору, мы заводим документ выписка и программа автоматически на основании этого документа заносит всю сумму оплаты как расход. То же самое при внесении денег в кассу - заводим документ ПКО и программа всю сумму включает в книгу доходов и расходов как доход. Как настроить программу так, чтобы в книгу доходов и расходов включалась разница между приходом в кассу и расходом (наше вознаграждение)?

Если актом нельзя,
тогда надо менять конфигурацию программы, а это сможет сделать только программист.