Перевыставляемый НДС

Добрый день.
Мы работаем с перевозчиком по договору комиссии - вознаграждение и выставленные акты и счета-фактуры поставщика перевыставляются покупателю. Наш счет-фактура содержит перечень работ поставщика и наше комиссионное вознаграждение. НДС и налог на прибыть уплачиваются только с комиссионного вознаграждения. НО! Иногда счет-фактура от перевозчика приходит позже, а стоимость его услуг не совпадает со стоимостью, выставленной нами. Изменить сумму, выставленную потребителю мы не можем, можем только уменьшить (увеличить) сумму нашего вознаграждения. Однако в этом случае сумма НДС с вознаграждения изменяется и мы либо недоплачиваем в бюджет НДС, либо переплачиваем, аналогичные проблемы и с налогом на прибыль. Посоветуйте, что можно сделать в этом случае.

Договариваться с перевозчиком, так как изменять локументы уже переданные покупателю нежелательно. В конце концов есть тедефоны, факсы и электронная почта.

С ж/д дорогой сложно договориться, тем более по тарифам, которые у них действуют. Законный вариант при данном договоре всё таки переделывать документы для покупателя, либо отдельно выставлять документы на комиссию и на услуги перевозчиков.
Спасибо за собственное мнение.