сотрудники

У меня возникает следующая проблема: один и тот сотрудник работает по гражданско-правовому договору и состоит в штате. программа постоянно мне их смешивает (переставляет начисления, дает льготу (400 рублей)сотруднику, который работает по гражд. договору, а штатнику не дает.

что делать?

Для начала конфигурацию назовите

К сожалению типовая бухгалтерия не поддерживает сложных расчетов по зарплате, поэтому если вам нужно одному и томуже сотруднику делать начисления и по окладу и по договору, то начисления по договру лучше сделать "ручной" операцией. Иного способа в бух-ии я не вижу. Если вам  нужно больше функционала по зарплате, тоггда либо покупайте 1С: Зарплата и кадровый учет, либо покупайте надстройку для бухгалтерии от Камина:

http://www.kamin.kaluga.ru/