Очень нужна помощь... сотрудник стал ИП

> ну наверное... у нас с ИП агентский договор...

Почему такая неуверенность?
Вы же пишете что договоры он заключает от вашего имени, деньги от покупателей поступают сразу на ваш счет - следовательно
вам он выставляет только акт на свое вознаграждение ка ИП
проводки получаются как обычно по дебету счетов затрат и кредиту расчетов с контрагентами

так мне не нужно тогда в зарплате и кадрах вести ИП?

нет, после заключения договора как с ИП - не нужно.