Оплата по договору или счету?

Покупатель оплатил услуги на основании договора, а не счета (хотя в договоре указывается, что оплата производиться на основании счета продавца), как теперь поступить, не зависимо от того, что он оплатил на основании договора выписать ему счет и все остальные документы или все же сделать только все остальные документы, не выставляя счета?

Собственно, счет на оплату - ничего с точки зрения бухучета не значащая бумажка. Всего лишь основание для оплаты. После того как клиент вам уже заплатил деньги, печатать его бессмысленно и даже в программе можно не хранить.

Не играет никакой роли по договору или счёту была произведена оплата.