жд тариф

Согласно условий договора, постафщик при поставке не выставил счет-фактуру на ж/д тариф, т.к. он входит в стоимость товара. Ж/д квитанция, при этом имеется.
  Согласно условий договора с покупателем, мы должны предъявить ж/д тариф отдельной счет-фактурой.
  Имеем ли мы право предъявлять в данном случае ж/д тариф, ведь поставщик нам его не предъявлял. В данной ситуации мы уплатим больше НДС, но иначе сделка не состоится ни с поставщиком, ни с покупателем. Посоветуйте как выйти из данной ситуации?
  Заранее спасибо.

При транзитной торговле Вы не можете включать в стоимость товара ж/д тариф. Соответственно, товар приходуете отдельно, ж/д тариф - отдельно. Поэтому плохо, что у Вас ж/д тариф вошел в стоимость товара. Выставлять с/ф на ж/д тариф Вы обязаны своему покупателю. Плюс копию ж/д накладной и акт выполненных работ на ж/д тариф.