Выдача счетов- фактур на аванс при комиссионных договорах

Согласно Письма МИНФИНА РФ от 6 марта 2009 года № 03-07-15/39

"При получении оплаты (частичной оплаты) в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав) комиссионером (агентом), осуществляющим в рамках комиссионного (агентского) договора реализацию товаров (работ, услуг, имущественных прав) от своего имени, счет-фактуру на эту оплату (частичную оплату) покупателю выставляет комиссионер (агент), а комитент (принципал) выдает комиссионеру (агенту) счет-фактуру, в которой отражены показатели счета-фактуры, выставленного комиссионером (агентом) покупателю. При этом комиссионер (агент) счета-фактуры по оплате (частичной оплате) в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав), выставленные им покупателю, в книге продаж не регистрирует."

Вопрос:  Оформление в 1С
Сумму, поступившую от покупателя, разбивали согласно договора на 62.2 (сумма комссионого вознагр., выдавали счет-фактуру на аванс)и 76.5 (сумма усуг от комитента, сч/ф не выставляли)
Теперь должны сч/ф на общую сумму аванса, но получается, что надо 2 сч/фактуры: по 62.2 на основе выписки, с занесением в Книгу продаж и вручную по 76.5, без занесения у книгу продаж.
Сч-ф на аванс от комитента (принципала)подложить к сч/ф покупателю (которая не регистрируется в книге продаж)и хранить в журнале выставленных сч/ф.
Правильно ли мы поняли, как надо сейчас действовать?

Сч/ф выписываете на всю сумму аванса полученного, а не на сумму комиссионного вознаграждения. При отгрузке программа сама всё правильно рассчитает.  С чего вы решили, что сч/ф на аванс полученный должна быть на сумму комиссионного вознаграждения? Почитайте НК повнимательнее. Не важно по какому договору этот аванс получен.

Все правильно, счет-фактура выписывается только на комиссионное вознаграждение. Все остальные деньги принадлежат Принципалу и авансом не считаются.