Как должен считаться отпуск, в рабочих или календарных днях?

Бухгалтер говорит что правильно будет в календарных, но в ЗИК 2.5.16 в табеле рабочего времени Т-13 считается в рабочих.

Бухгалтер правильно говорит. На самом деле в табеле Т-13 отпуск не считается. В ЗУП 2.5.16 отпуск вводится документом "Отпуска организаций", начисляется "Начисление отпуска работникам орг-ций". В этих документах и определяется - в рабочих или в календарных.

В документе "Начисление отпуска работникам орг-ций" определяется в календарных днях , но в табеле Т-13 выводит в рабочих, в чем причина?

Потому, что это "Табель учета РАБОЧЕГО времени".