проблему у себя решила, создавая новый вид начисления - индивидуальную надбавку(пропорционально отработанному времени) ставила на закладке Время - Начисление за работу полную смену в пределах нормы времени, поэтому задваивалось. Поставила галку на Дополнительное начисление за уже оплаченное время.