ЗУП, оплата по договорам подряда

ГПХ, а насчет автоматизировать - это к разработчикам!

Компенсация расходов по договору ГПХ обычно не входит в стоимость по самому договору.
В договоре обычно оговаривается что компания компенсирует, заранее сумма компенсации не извесна.
Сам договор это 70, а компенсация это 73.

В бухгалтерии так и оформляют, а в договоре указывают общую сумму. Это не я придумала, это практика в моих организациях такая.

Не понял, что значит в бухгалтерии так и офорляют? Так это как?

Конфигурация есть такая, бухгалтерия бюджетного учреждения. Там у них эта сумма разбивается на две. А сами компенсации, как правило, - это стоимость проезда к месту проведения работ и расходы на проживание там, они известны заранее. Что неизвестно, то оформляется задним числом по приезду экспедиции.