В общем в Параметрах учета-Расчет зарплаты есть пункт "При начислении НДФл исчиленный НДФл принимать к учету как удержанный". У меня там галка не стоит (если не стоит, то ставить вроде бы как бы её не рекомендуют), рекомендуют перепровести документы по выплате зпл. Перепровела документы по выплате зарплаты и вроде бы всё сошлось.