НДФЛ с переходящих отпусков.

При начислении апреля за те 2 дня что было начислено? Оклад или невыходы?
Может быть НДФЛ уже начислен в апреле и он совпал с тем что начислилось в результате командировок в мае за апрель.
Но это так, просто предположение.
Надо видеть подробные расчетные листки за апрель и май.

В табеле сотруднику поставлена "К" командировка (кадровым документом), никаких начислений не было (за эти 2 дня). В апреле НДФЛ был начислен только на апрельские начисления. В мае был произведен расчет среднего заработка за 2 апрельских дня и за майские. И программа просто проигнорировала начисления за 2 дня апреля при расчете НДФЛ.
Документ "Оплата среднего заработка" проведен маем, сам расчет на закладке "оплата" разбит на 2 строки по периодам.