настройка "не регистрировать с/ф, зачтенные в теч. 5 дней" - относится к реализации, т.е. если вам покупатель заплатил аванс, а вы отгрузили в течении 5 дней.
судя по вашей ситуации - вы заплатили поставщику, на каком этапе программа вас просит выписать с/ф на аванс?