Только недавно была такая же ситуация на 1С:Бухгалтерия строительной организации. Выяснилось, что в регистре сведений "Дата актуальности учета" указана дата 30.04.2012 для этой организации. После этой даты в организации списывалось только количество и с 10, и с 41 счетов. Строку убрали - все стало нормально.