Подскажите пожалуйста, что за странность с расчетом по выходным дням (ЗИК)

Вроде бы эту часть никто не трогал, но почему-то начисляется всё правильно, так уже много лет... Получается так же, как с праздничными, оплата+доплата за сверхурочные. Может, для суммированного учёта рабочего времени это предусмотрено...

при суммированном учете все сверхурочные часы выявляются только по окончании учетного периода. У вас - месяца. Поэтому из всех сверхурочных только первые два часа оплачиваются по полуторной ставке, а остальные по двойной. Работа в выходные не учитывается при подсчете сверхурочных часов.