Как провести больничный, затрагивающий 3 месяца.

да мне то все равно, я просто не понимаю, как вы ему одновременно с больничным хотите зарплату выплатить. За одно и тоже время.

Не вопрос. Можете больничный провести суммой. Только подготовьте директора е тому, что любая проверка фсс снимет эту сумму, если в табеле будут стоять явки.

1)Проведите б/л с 1 июля и по дату закрытия, ФСС возражать не будет, и проблем со сторнированием и пересчетом налогов не будет. При возмещении объясните инспектору ФСС, что  сотрудник ходил на работу.
2)Или же августом проводите б/л за весь период, сторнируется зп за июнь, сторнируются все налоги, для ФСС напишите справку, что сумма по б/л уменьшина к выплате на сумму выданной ЗП за июнь. По поводу " наложения" скажите - что вовремя не проинформировали по поводу болезни и сделайте корректирующий табель ( ручками) для ФСС, чтоб там стоял б/л. Краснота по налогам закроется зп за август. Так, что выбирайте.

будет лучше оставить всё на август.