Эта ситуация вполне стандартная и автоматизировать её нельзя несмотря на то, что 1с пытается как-то это решить.
Править РСВ не надо - там всё правильно.
Делаете так:
1. У проблемного человека, если есть возможность. убираете в месяце с минусом (месяц А) отрицательную базу (-х). Т.е., плюсюете туда сумму Х (-х + х = 0). Такую же сумму плюсуете в строку всего выплат в этом же месяце. В другом соседнем месяце (месяц Б) делаете наоборот: из базы и из строки всего выплат минусуете Х. 2.У другого человека, у которого позволяет зарплата, делаете наоборот: в месяце А минусуете базу и сумму выплат на Х, а в месяце Б - плюсуете. Таким образом, общая сумма у людей остаётся такой же, и общая сумма по индивидуальным сведениям (база и общая сумма выплат) сходится по месяцам с РСВ.