Разобрался. Всё дело в коде вида операции. По Белорусским товарам надо ставить 19-й код. Для этого немного подправил общий модуль УчетНДС процедуру ЗаполнитьСписокКодовВидовОпераций. Получилось вот так:
//Если ИспользоватьКоды2015 Тогда
// Если ИспользоватьДополнительныеКоды Тогда
//СписокВыбора.Добавить("16", "16 - Возврат от покупателя-неплательщика НДС" ;) ;
//СписокВыбора.Добавить("17", "17 - Возврат от покупателя-физического лица" ;) ;
//СписокВыбора.Добавить("18", "18 - Изменение стоимости отгруженных товаров (работ, услуг) в сторону уменьшения" ;) ;
СписокВыбора.Добавить("19", "19 - Ввоз товаров из Евразийского экономического союза" ;) ;
СписокВыбора.Добавить("20", "20 - Ввоз импортных товаров на территорию РФ" ;) ;
//СписокВыбора.Добавить("22", "22 - Возврат, зачет авансовых платежей, п.5 статьи 171, п.6 статьи 172 НК" ;) ;
//СписокВыбора.Добавить("23", "23 - Командировочные расходы по бланку строгой отчетности, п.7 статьи 171 НК" ;) ;
//СписокВыбора.Добавить("24", "24 - Подтверждение ставки 0% после истечения 180 дней" ;) ;
//СписокВыбора.Добавить("25", "25 - Подтверждение ставки 0%" ;) ;
//КонецЕсли;
СписокВыбора.Добавить("27", "27 - Сводный комиссионный счет-фактура, п.3.1 статьи 169 НК" ;) ;
СписокВыбора.Добавить("28", "28 - Сводный комиссионный счет-фактура на аванс, п.3.1 статьи 169 НК" ;) ;
//КонецЕсли;