Отпуска в форме 6-НДФЛ (1С ЗУП 8 редакция 2.5 и 1С ЗУП 8 КОРП редакция 2.5)

Пример ситуации в организациях:
Отпуск начинается со 2 мая по 31 мая. Отпуск начислили 22 апреля, а выплатили 26 апреля.

Апрель месяц входит в базу для расчета среднедневного заработка, в момент начисления отпускных, а это 22 апреля, апрель месяц ещё не был рассчитан по понятым причинам. В числах 29,30 или 1 - 4 след. месяца происходит закрытие расчетного периода апрель месяц (занесение ежемесячной премии согласно выполненным показателям за месяц, регистрация доп. начислений, надбавок и прочих начислений за месяц). В этих же числах расчетчики производят "перерасчет" точнее выразится переначисление ранее начисленных отпускных для которых апрель входит в расчетный период. Переначисление отпускных происходит в рамках текущего расчетного периода, т.е. никакого исправления, открывается проведенный документ Начисление отпуска и нажимается кнопка "Рассчитать".

На конец месяца по отпускам возникает долг из-за изменения базы среднедневного заработка. Организация не выплачивает такие остатки по отпускам отдельной выплатой как Отпуск, а выплачивает остаток вместе с заработной платой за апрель, либо как заработная плата за апрель (т.е. характер выплаты Зарплата).

Получается что в форме 6-НДФЛ по таким отпускам данные будут не соответствовать фактическим данным по перечисленному НДФЛ от межрасчета. В ФНС организация перечислила НДФЛ от отпуска 30 апреля согласно НК (допустим 30 апреля это рабочий день). Но ведь в форме 6-НДФЛ будет запись что НДФЛ от отпускных  удержали больше чем перечислили в ФНС на самом деле.

Возможны ли в таких случаях штрафы?

Егор82, насколько я понял из вашей ситуации - вы начислили отпуск, выплатили, а потом пересчитали и хотите выплатить вместе с ЗП?
Да Бога ради! Но, во-первых в 6-НДФЛ этот отпуск не попадёт(во всяком случае 1-квартал, только за полугодие), а во вторых, он должен, на мой взгляд,  отразиться там так:
100      дата выплаты "чернового" отпуска
110      дата выплаты "чернового" отпуска
120      конец месяца (30.04.2016)

100      дата выплаты "исправленного" отпуска
110      дата выплаты "исправленного" отпуска
120      конец месяца (31.05.2016)      - вы ведь ЗП выплачиваете в начале следующего месяца?
по строкам 130 и 140 должна пройти доначисленная сумма.
И строки доначисленного отпуска должны быть выделены из ЗП, вместе с которой он выплачивается.

АлександрС, прикол в том, что сумма отпускных может быть пересчитана как в большую, так и в меньшую сторону. И тогда при вашем раскладе появятся отрицательные суммы и отрицательный НДФЛ. Я бы просто не выделяла эту сумму из зарплаты. Ну выплатили отпускные ( как уж начислили), НДФЛ с них удержали, перечислили. А дальше в зарплату исправят расчетную ошибку.

АлександрС, Никакого исправительного документа, все происходит в рамках одного расчётного периода. Документ просто пересчитывается, возможно Вы это и имели ввиду раз "исправительный" в кавычках).
Да заработную плату выплачивают до 15 числа след. месяца.
У расчётчиков опасение по поводу отражения данных в 6-НДФЛ, ведь после "пересчета" в отчёт 6-ндфл межрасчет попадает как есть по факту. А перечислили то НДФЛ по результатам промежуточного расчёта. Кстати учитывая специфику учетных систем 1 ЗУП 8 и 1С ЗУП 8 КОРП, мы не сможем добиться в 100 строке по межрасчету дату последней выплаты, как при снятой галочке (Упрощенный учёт НДФЛ), так и при возведённой галочке. Так как 100 строка в форме 6-НДФЛ Дата фактического получения дохода для межрасчета тянется из первичного документа межрасчета, в нашем случае это документ Начисление отпуска.

Тэра, так и делают по сей день, но вот после появления 6-НДФЛ расчетчики задумались о корректности таких операций. Все дело в достоверности предоставленных данных в форме 6-НДФЛ и фактических перечислений в ФНС. Ведь понятное дело что остаток по межрасчету выплачивается вместе с заработной платой, но кто уверен что ФНС не интерпретирует такие операции как нарушение по срокам перечисления НДФЛ.

Егор82, так если вы удержите НДФЛ именно с выплаченной суммы отпускных ( а не потом уточненной), вы ничего не нарушите в сроках перечисления