В конфигурации "1С:Бухгалтерия" и в Комплексной конфигурации с новым планом счетов вместо документа "Дополнительные расходы на приобретение" для целей включения дополнительных затрат на приобретение МПЗ в их первоначальную стоимость или формирования фактической себестоимости используется документ "Услуги сторонних организаций". Для привязки дополнительных расходов к приобретаемому имуществу, нужно заполнить реквизит "Док. поступления", указав в нем документ, при помощи которого в типовой конфигурации был отражен факт поступления этого имущества.
Подробнее см. статью в разделе "Методическая поддержка" - "Учет дополнительных расходов при приобретении имущества".