Возврат товара от покупателя может оформляться как свободный документ из пункта меню "Документы"/"Расходные"/"Приходная накладная (возврат)".
Если документ оформляется как свободный документ возврата, то вы сами указываете в нем цены, по которым возвращается товар.
Эта операция фактически будет интерпретирована в конфигурации как покупка товара у покупателя.