Как учесть материалы, которые числятся на балансе, но при инвентаризации не обнаружены?

Недостача в пределах норм естественной убыли, утвержденных в порядке, установленном Правительством Российской Федерации, для целей налогообложения приравнивается к материальным расходам (пп. 2 п. 7 ст. 254 НК РФ), для целей бухгалтерского учета - относится на издержки производства и обращения (п. 5.1 Методических указаний по инвентаризации имущества и финансовых обязательств, утв. приказом Минфина России от 13.06.1995 № 49).

Если обнаружена недостача сверх норм естественной убыли, организация может учесть недостачу для целей бухгалтерского учета в составе прочих расходов и для целей налогового учета в составе внереализационных расходов (пп. 5 п. 2 ст. 265 НК РФ) только при условии, что факт отсутствии виновного лица документально подтвержден уполномоченным органом государственной власти.

Если документальное подтверждение уполномоченного органа государственной власти отсутствует, недостача относится на убытки организации в составе прочих расходов только для целей бухгалтерского учета. В этом случае сумма недостачи уменьшает финансовый результат организации, но не уменьшает базу для расчета налога на прибыль как отчетного, так и последующих отчетных периодов. Следовательно, возникает постоянная разница (п. 4 ПБУ 18/02, утв. приказом Минфина России от 19.11.2002 № 114н).

Получить больше информации о списании недостачи можно в разделе «Отвечает аудитор» в ИС 1С:ИТС.

Единая правовая позиция относительно необходимости восстановления НДС при выявлении недостачи не выработана. В частности, согласно письмам Минфина России от 04.07.2011 № 03-03-06/1/387, от 07.06.2011 № 03-03-06/1/332 налогоплательщик при списании материалов в связи с недостачей, обнаруженной ввиду инвентаризации, обязан восстановить к уплате в бюджет сумму НДС по этим товарно-материальным ценностям, ранее принятую к вычету.

Согласно Решениям ВАС РФ от 19.05.2011 № 3943/11, от 23.10.2006 № 10652/06 – у налогоплательщика данная обязанность отсутствует. При этом согласно письму Минфина России от 07.11.2013 № 03-01-13/01/47571 (направлено ФНС России для сведения и использования в работе письмом от 26.11.2013 № ГД-4-3/21097) в случае, когда письменные разъяснения Минфина России (рекомендации, разъяснения ФНС России) по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах не согласуются с решениями, постановлениями, информационными письмами Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, а также решениями, постановлениями, письмами Верховного Суда Российской Федерации, налоговые органы при реализации своих полномочий руководствуются указанными актами и письмами судов.

Таким образом, вы вправе не восстанавливать к уплате в бюджет ранее принятые к вычету суммы НДС, но не исключено, что данную позицию придется обосновывать в суде.