Вот теперь поняла. Если не дождётесь ответа специалистов 1С (может, действительно, что-то и предусмотрено для смены кода ФНС), но, я бы посоветовала пользователю: перед тем как формировать документ с 2-НДФЛ по этому обособленному подразделению, временно сменить код ФНС в спр."Организации", но, а, потом после формирования нужного файла, вернуть организации родной код ФНС.