1. Создать пустую папку.
2. Добавить базу в список баз. Папка базы - из п.1.
3. Загрузить базу в режиме конфигуратора.
4. Меню Конфигурация\Открыть конфигурацию.
5. Меню Файл\Сохранить
6. Готово!
ЗЫ. На все вопросы конфигуратора отвечать положительно.