РазделительУчета

Можно ли во время работы программы менять (не в конфигураторе)"РазделительУчета" -> "СвоиЮрЛица" и "не назначен"?

я не понял чего вы этим хотите, но разделитель учета снимается и ставиться только в режиме конфигуратора.

У нас разделитель учета - Фирма, справочник фирм, для смены написана обработка и все меняется во время работы программы и соответственно все привязано к текущей фирме.

нет таких команд в языке чтоб разделитель ставить и убирать.
да и как вы себе предсталяете реструктуризацию когда один сеанс сносит разделитель, а другой по нему проводки делает, потому что не знает что его уже нет?
Более того, изменять метаданные можно только из режима конфигуратора. Ваша обработка скорее всего меняет у текущего пользователя фирму по умолчанию. это делается в три строчки кода.

Дело в том, что не все пользуют разделитель учета, а он дает о себе знать неимоверными тормозами по сети. Я конечно, при обновлнии убираю крыжик с "Параметры бухгалтерии" (на заранее настроеной конфигурации), но иногда забываю это сделать и тогда может прозвучать куча матов в мою сторону от пользователей.