1C 7.7 Бухгалтерия для бюджетных учреждений. Объединение двух балансодержателей.

Наверное этот Документ "Перемещение ОС (заб.счета)"
предназначен для оформления операций внутреннего перемещения (смены материально ответственных лиц)
ОС на забалансовых счетах

Нет, этот документ не подходит. Точнее, меня интересует внутриведомственное перемещение из одной организации в другую

Тут сложнее... в плане автоматизма. Могу порекомендовать так, как сами делали:
1. В 1-й организации (та, что расформировывается) создали группу справочника ОС "Забалансовые", перенесли в нее все ОС, находящиеся на забалансе, провели документ "Списание ОС с забалансовых счетов"
2. Во 2-й организации (та, что остается) в справочнике ОС создали группу "Забалансовые"
3. Обработкой "Универсальная обработка подбора объектов" отобрали все ОС с реквизитами Группа(Родитель) - Забалансовые, Балансодержатели(Владелец) - 1-я организация, через действие "установка реквизитов" поменяли эти реквизиты на соответствующие во 2-й организации, а также заменили счет учета на С01.х (перед выполнением обратите внимание на дату установки периодических реквизитов), в результате во 2-й организации в справочнике ОС появились все карточки забалансовых ОС
4. Во 2-й организации ввели документ "Поступление ОС на забалансовые счета"
Рекомендую сначала эту операцию проделать на копии ИБ во избежание накладок.