Тэра,мне бы хотелось понять откуда она достает эту данные,всё уже проверила везде коды посмотрела,обработку вчера проверила,нет там Фрегат И,М, как его можно обмануть? Предложила организации менять название вручную пока,но это ведь не выход!
Мария Гаджилова, вы сначала пишите, что есть в БП организации Фрегат_м, потом - что нет...
Тэра,ее в ЗУПе нет,я видимо ошиблась, 
,у меня уже от них крыша едет
Мария Гаджилова, чего вам непонятно? В ЗУПе у вас организация может называться хоть как, хоть Баркас. При выгрузке в БП данные стыкуются по ИНН и КПП. У вас с такими реквизитами несколько организаций. Вот обработка и берет из этих организаций первую попавшуюся. И все данные пишет на неё.
Тэра,а как тогда заставить выбирать ту,что нужна мне? 
Мария Гаджилова, оставить в БП одну организацию с таким КПП и ИНН. Либо звать программиста и писать свою выгрузку/загрузку
Тэра,Вопрос снят,решили менять вручную организацию! Всем спасибо за советы-оперативно! 