Проводки в 1с 8.1

> Как Вы думайте мне лечце любое обновление ставить на одну специализиоованную базу или на
> одну общую

А теперь я спрашиваю, вы бухгалтер или программист?

В любом случай обновлять конфигуратор и дописывать изменений, проследив где они встречаются в отдельных модулях или в общем, а потом проверить все начисления легче в отдельно конфигурации. Извините, но я не буду больше с Вами разглогольствовать на эту тему, что лучше УПП или ЗиУП.