услуги для предприятия

Может ли физическое лицо без лицензии на оказание услуг заключать трудовой договор на разработку и согласование "Проекта нормативов предельно допустимых выбросов загрязняющих веществ в атмосферу"? Если да, то НДФЛ перечисляет предприятие или физ. лицо?

В Законе о лицензировании проверь, попадает ли данный вид под лицензирование.
Если не попадает, с ним можно заключить договор-подряда на оказание услуги и в соотв.с п.1 ст.226 вы обязаны удержать и перечислить НДФЛ по месту выплаты дохода. Данные затраты можно будет включить в расходы.
Если должен иметь лицензию,то он не может выполнять работы без лицензии, либо затраты в расходы приниматься не будут.