7.7 Начислений в ФФОМС и ТФОМС не должно быть, но они есть.

Свод проводок не содержит записей, относящихся к ФФОМС, в файлах выгружаемых в бухгалтерию нет упоминания про счет 69.3
Т.е. со стороны ЗиК всё выглядит правильно.

Операции (проводки по счету 69.3) формируются при проведении документа "закрытие месяца", руками их никто не создавал.

Так может просто снять "птичку" в Закрытии месяца с "Начисление налогов с фонда оплаты труда"?

В таком случае пропадает начисления и по другим счетам (69.1, 69.2) а это не хорошо)

При использовании расчетов зарплаты во внешней программе проводки по взносам не должны формироваться в бухгалтерии, а должны загружаться из внешней программы. Убедитесь, что установлена настройка учета зарплаты во внешней программе и переформируйте документы закрытие месяца, которые никаких проводок, связанных с зарплатой и страховыми взносами, формировать не должны.

Всё оказалось намного проще чем я думал
В некоторых наших предприятиях в апреле месяце (а это был первый месяц работы предприятий) насчитывались налоги (по счетам ДФЛ, 69.3 и прочим) хотя не должны были насчитываться, видимо причина была в самой первой выгрузке из ЗиК в Бух.
В Бух поставил настройку "учет зарплаты во внешней программе", сделал новую выгрузку из ЗиК за апрель, перепровел "закрытие месяца" и все начисления налогов пропали, т.е. всё стало так как нужно.

Ещё была проблема с одним человеком в ноябре. Но в этом месяце по этому человеку в ЗиК проводили документ "Возврат задолженности", т. е. возвращали деньги в кассу, а Бух программа оказывается насчитывает на этот документ налоги, в том числе и ФФОМС.

Всем спасибо, извините за то, что плохо сформулировал ТЗ и невнятно обрисовал всю ситуацию!