Закрытие 90 счетов.НДС.

В одной организации увидела проводку д.90.1 (выручка) -к.68.2 (НДС) при продаже товара, тогда как на самом деле должно быть д.90.3 (НДС на 90 счете)-к.68.2 (НДС к возмещению).Соответственно, бухгалтера не делают запись в конце месяца на счет 90.9, сразу 90.1 прегоняется на 99, минуя 90.9 (закрывают ручной операцией). Правильно ли это?

нет, это нарушение плана счетов бухгалтерского учета. Ну и наверное порядке ведения бухучета

Посмотрите,как правильно это делать на диске ИТС "Справочник хозяйственных операций", там подробно все расписано.