В качестве попытки решить проблему, восстановите последовательность документов групповым перепроведением, а после ещё раз проверьте наличие аванса и возможность сформировать счет-фактуру на аванс.
В данной ситуации я бы посмотрела подробнейшую оборотно-сальдовую по 62 с расшифровкой по суб счетам, с детализацией по дням (за месяц), договорам и отбором по конкретному контрагенту. Давайте посмотрим?