ЗУП НДФЛ с расчета за первую половину месяца. Как отразить удержание и перечисление с зарплатой.

Павел Зимин, ну, тут уж не подскажу, лень лезть и разбираться. Кроме того я не понял, какие именно суммы НДФЛ у вас не цепляются в итоговой ведомости за июнь и вылазят в июле. По сути дела, в том порядке, который я привёл в комменте выше, начисленный НДФЛ по отпускным закрывается в ведомости по отпускным, а в окончательную ведомость подтягивается НДФЛ аванса.
Я когда-то смотрел код, и насколько я помню (если там логика не поменялась), при заполнении ведомости на итоговую выплату за месяц, программа смотрит Регистр накопления "Расчеты налогоплательщика с бюджетом по НДФЛ", причем отбирает те записи, у которых дата Периода <= дате ведомости. При проведении Начисления з/п за месяц НДФЛ с аванса попадает в указанный регистр с датой конца месяца, т.е. 30.06. Если дата вашей ведомости 05.07, то я вижу только один вариант, почему НДФЛ не подтягивается в июньскую ведомость, а подтягивается в июльскую - вы случайно в Начислении з/п указали не июнь, а июль.