НДС

Учреждение автономное. Оформляем приходный ордер, операция Поступление доходов от розничных продаж.
Должен ли как-то выделяться НДС в проводках?
В литературе прочитала о настройках при КФО=1, у нас КФО=2.

Должен! но все зависит от организации учета.
1. если розничные продажи (я так понимаю физ лицам) ведутся посредством счета 205.ХХ, то в Приходном кассовом ордере в качестве сч кредита указываете 205.ХХ в разрезе контрагентов и оснований расчетов. Далее делаете начисление дохода (Реализация улуги или Акт об оказании услуг) Дт 205.ХХ Кт 401.10, указать ставку и сумму НДС. и вот уже на основании этого документа можно ввести сч\фактуру выданный, который и отразит выделение НДС с продаж (Дт 401.10 Кт 303.04) и произведет регитсрацию в Книге Продаж
2.  если розничные продажи ведутся без счета 205.ХХ, т.е. в ПКО указывается вид операции "Поступление доходов от розничных продаж (401.10.130)" и срузу происходит начисление доходов на счет 401.10 (Дт 201.34 Кт 401.10). В этом случае необходимо будет вручную выделить НДС документом "Формирование записей книги продаж" (Расчеты - НДС), который при проведении - Дт 401.10 Кт 303.04
3.  если розничные продажи ведутся через встроенный механизм по учету розницы (Материальные запасы - Розница) (т.е. реализация материальных запасов через неавтоматизированную торговую точку), то на основании документа "отчет о розничных продажах" можно таккже ввести документ "Формирование записей книги продаж"