Заполнение журнала счетов-фактур по договору транспортной экспедиции (агентский договор)

Подскажите, пожалуйста, может быть, у кого-то есть такой опыт:
Работаем как экспедиторы по агентским договорам (наша организация - агент перевозчиков) с НДС.
Как сделать так, чтобы в журнал счетов-фактур попадали и счета-фактуры, выставленные перевозчиком (в счета-фактуры входящие), и, соответственно, те счета-фактуры, которые мы уже от своего имени выставляем заказчикам (в счета-фактуры исходящие)? Все они идут под кодом 04.
Дело в том, что сама операция одной проводкой (Дт 76 (расчеты с заказчиком) Кт 76 (расчеты с перевозчиком) сумма (стоимость услуги)

Далее, конечно, отчетом агента начисляется и засчитывается в расчетах с перевозчиком наше агентское вознаграждение, но это уже не имеет отношения к журналу счетов-фактур. Там счет-фактура с кодом 01 регистрируется и в книгу продаж идет, все нормально.
И вот эта одну операцию можно отразить в учете либо документом поступления услуг (на закладке агентские услуги), либо документом реализации (на той же закладке). В первом случае появляется запись по счету-фактуре входящему, во втором - по исходящему. Если провести оба документа, операция задваивается, без проведения документа невозможно провести счет-фактуру - замкнутый круг.
Тут не проходит аналогия с товаром, который можно одним документом оприходовать на забалансовый счет, а вторым списать, и все в порядке, одна только проводка, и все тут.
До 2015 года делали так - проводили реализацию, формировался журнал счет-фактур исходящих, на основании его уже вручную делали в печатной форме журнал счетов-фактур входящих, проставляя номера и даты. Очень неудобно и трудозатратно, но хотя бы так.
Теперь же мы обязаны будем журнал счетов-фактур в электронном виде отправлять вместе с декларацией (форму еще не видели, правда). Так что такой выход не проходит.
Прошу прощения за объем, но проще объяснить не смогла.
Что делать? Кто как выходит из такой ситуации?

NNT, какая конфигурация?

1С:Франчайзи "ИТС Консультант"
http://itsconsultant.ru
Контактный телефон: 8 (495) 762-92-60
Email: info@itsconsultant.ru

ITSKonsultant, 3.0.37.36 - самая последняя