regina5, что оставить как есть? В ЗУП 2.5 был типовой механизм, позволяющий удержать страховые взносы с этой компенсации. То, что вы им не пользовались - ваше дело. В ЗУП 3.0 эта компенсация должна автоматически облагаться всем положенным.
Нашла сама выход из этой ситуации, но он неудобный для бухгалтеров, им не понравится, но другого выхода нет. Жаль, что не учли в новой программе удержание страховых с компенсации за задержку зарплаты.