Ничего специально делать не нужно. Предприятие начинает оформлять продажи с ЕНВД (в документах продажи устанавливается флаг "Облагается ЕНВД"). В конце отчетного периода необходимо оформить документ "Закрытие месяца".
По результатам проведения документа НДС будет включен в себестоимость товаров.