При расчете суммы НДС, подлежащей вычету при реализации товаров в режиме оптовой торговли при наличии розницы, переведенной на ЕНВД, для обеспечения сопоставимости показателей в пропорции, определяемой в соответствии с пунктом 4 статьи 170 НК РФ, стоимость товаров, реализуемых в режиме оптовой торговли, следует учитывать без НДС. Указанная позиция, отмечает Минфин России, подтверждена Постановлением Президиума ВАС РФ от 18.11.2008 № 7185/08 (письмо Минфина России от 26.06.2009 № 03-07-14/61).

Как следует из письма Минфина России от 29.01.2009 № 03-07-10/03, налогоплательщику, принявшему строительно-монтажные работы по восстановлению объекта недвижимости к учету в период применения «упрощенки», после перехода на общий режим налогообложения не стоит рассчитывать на вычет НДС по этим работам.

Если организации в связи с изменением законодательства приходится менять режимы налогообложения (с общего режима переходить на ЕНВД, а с 01.01.2009 - обратно), то при обратном переходе с ЕНВД на общий режим налогообложения принять к вычету суммы НДС, ранее восстановленные к уплате в бюджет по основным средствам, нельзя - таково мнение Минфина России, изложенное в письме от 29.01.2009 № 03-07-11/23.