Сталкивалась с подобной ситуацией и такой ошибкой проверяющих программ. А вы не пробовали связаться с ПФР за консультацией? Нами было принято решение не показывать это сторно, тем более, что у нас было сторно чуть ли не 2009 года, когда персонифицированный учет был другим. И также, как и у вас, осталось ощущение неправильности ситуации, ведь вполне возможно, когда общий доход меньше облагаемой базы ПФР, а теперь, когда с этого года, квартальная отчетность содержит информацию о доходах, с такими ситуациями встречаться придётся чаще. Может обратят сотрудники 1С на это сообщение и разъяснят нам эту ситуацию или зададут этот вопрос специалистам, от которых этот вопрос зависит - не стоит ли поменять правила ПФР в этой части?