НДФЛ удержанный появляется ТОЛЬКО после ввода документов "Выплата зарплаты", "Перечисление в банк" и "Удержание по исполнительному листу" на сумму, указанную в них (обусловлено требованиями НК РФ - при получении денег на выплату зарплаты в банке). Чтобы учесть другие виды удержаний, надо править конфигурацию. Но если Вы соблюдаете требования ст 131 ТК РФ и выплачиваете в натуре не более 20 % заработка, то ничего править не надо. Можете, конечно не соблюдать закон, но тогда или выплачивайте не менее НДФЛ начисленного документом "Выплата зарплаты", или исправляйте НДФЛ уд. вручную, или правьте конфигурацию.