А с какой целью создана НКО? С целью оказания образовательных услуг? Если да - почему нет финансирования для некоммерческой организации, если нет - непонятно, почему эта деятельность некоммерческая? Если образовательные услуги - коммерческая деятельность, то ведете обычный учет для коммерческих организаций.