ФНС России согласилась с тем, что налоговым законодательством не предусмотрено ограничение права на налоговые вычеты НДС для организаций, оплачивающих товары (работы, услуги) за счет бюджетных средств, а также средств, собранных с населения (письмо от 28.07.2009 № 3-1-11/544@).

Само по себе отсутствие в товарно-транспортных накладных ряда реквизитов (при наличии других первичных учетных документов) не исключает права налогоплательщика применить вычет НДС по транспортным расходам. Такой вывод подтвержден в новом Определении ВАС РФ от 31.08.2009 № ВАС-10953/09.

Проценты за пользование чужими денежными средствами (ст. 395 ГК РФ), полученные от покупателей за нарушение договорных обязательств на основании решения арбитражного суда, увеличивают базу по НДС. Об этом сказано в письме Минфина России от 11.09.2009 № 03-07-11/222.

Регистры бухгалтерского учета не относятся к первичным учетным документам, подтверждающим наряду со счетами-фактурами правомерность применения налоговых вычетов. Поэтому налоговый орган не вправе запрашивать их у налогоплательщика при проведении камеральной налоговой проверки. Об этом сказано в новом постановлении ФАС Уральского округа от 19.08.2009 № Ф09-5930/09-С2.

В письме от 18.08.2009 № 03-07-11/208 финансовое ведомство полностью продублировало позицию ВАС РФ об определении показателей пропорции для ведения раздельного учета НДС (комментарий к постановлению ВАС РФ мы приводили в статье "При исчислении пропорции для ведения раздельного учета НДС не учитывается".

Применить вычет НДС по товарам, оплаченным за счет средств федерального бюджета, нельзя. Поэтому суммы налога, ранее принятые к вычету по товарам, расходы по которым частично компенсированы из федерального бюджета, нужно восстановить. Такой вывод следует из нового письма Минфина России от 31.08.2009 № 03-07-14/91.

При передаче имущества некоммерческой организации в некоторых случаях нужно начислить НДС (письмо Минфина России от 21.08.2009 № 03-03-06/1/542). В частности, сказанное относится к ситуации, когда полученное имущество будет использоваться одновременно в деятельности, не связанной с извлечением дохода, и в предпринимательской деятельности. Не начислять налог можно, только если полученное имущество организация будет использовать исключительно в своей уставной (некоммерческой) деятельности. Такой вывод можно сделать на основании подпункта 1 пункта 1 статьи 146 и пункта 3 статьи 39 НК РФ. Применять этот порядок по аналогии к рассмотренной в новом письме ситуации, исходя из разъяснений финансового ведомства, нельзя.

Минфин России в письме от 06.08.2009 № 03-07-11/199 еще раз подтвердил, что считает выдачу трудовой книжки работнику реализацией, а поэтому такая операция подлежит обложению НДС.

ФНС России в письме от 12.08.2009 № ШС-22-3/634@ подробно разъяснила порядок составления счетов-фактур налоговыми агентами.

Минфин России в письме от 07.08.2009 № 03-01-15/8-400 разъяснил, что в бланке строгой отчетности НДС должен быть выделен отдельной строкой, чтобы его можно было предъявить к вычету.